临床与实验肿瘤学杂志

利用基因表达亚型和 KRAS 突变状态构建的 II/III 期结肠癌预后模型

Kengo Gotoh#、Eiji Shinto#、Yoshida Yuichiro Yoshida*、Hideki Ueno、Yoshiki Kajiwara、Masato Yamadera、Ken Nagata、Hitoshi Tsuda、Junji Yamamoto 和 Kazuo Hase

目的：根据 DNA 微阵列数据分类的癌症亚型可以高精度地预测预后。本文我们仅基于具有已知生物学功能的基因构建了一种新的结肠癌 (CC) 亚型分类，旨在建立一种新的临床预后模型。

方法：我们使用公共数据集（学习集）中 73 例原发性 CC 病例的数据进行了表达相关性分析，重点关注位于 18 和 20 号染色体长臂上的基因和基质相关基因。我们确定了每个基因在模块中的代表性，这些基因在同一模块中的表达水平密切相关。使用直接测序评估了 KRAS、BRAF 和 TP53 中的突变。使用 Bethesda 参考面板分析了微卫星不稳定性 (MSI)。

结果：我们构建了一个判别模型，旨在根据学习集中 55 个基因的表达水平将 CC 分为三种亚型（“基质型”、“染色体不稳定性 [CIN] 样”、“MSI 样”）。当我们将此预测因子应用于其他 II/III 期结肠癌患者（n=258，测试集）的微阵列数据时，我们发现基质亚型与其他亚型之间的无病生存期存在显著差异（p=1.25e-03）。因此，我们创建了一个综合预后模型，根据 55 个基因的表达水平和 KRAS 突变将患者分为高风险组和低风险组（p=1.56e-06）。对接受根治性切除术的 II/III 期结肠癌患者（n=59，验证集）的独立标本的分析证实了我们模型的预后价值（p=4.75e-02）。

结论：该模型产生了一个生物学上具有鉴别力的分类器，将 MSI 状态与复发风险关联起来，可能在临床上适用于选择 II/III 期 CC 患者进行辅助治疗。