微生物学是与传染病的预防、诊断和治疗有关的医学分支。总的来说,这一科学研究领域研究微生物在改善健康方面的各种临床应用。引起传染病的微生物有四种:细菌、真菌、寄生虫和病毒,以及一种称为朊病毒的传染性蛋白质。医学微生物学家经常根据微生物菌株及其抗生素耐药性、感染部位、抗菌药物的潜在毒性以及患者的任何药物过敏情况向患者提出治疗建议。