植物宿主与其病原体(细菌、真菌、病毒、卵菌和线虫)之间的相互作用被描述为植物-病原体相互作用。采用先进的遗传和统计方法来开发抗病植物。研究最多的植物病原体为细菌(丁香假单胞菌、野油菜黄单胞菌)、真菌(破坏性炭疽菌、灰葡萄孢、奥罗维诺酵母)、卵菌(Hyaloperonospora spp.)、病毒(花椰菜花叶病毒(CaMV)、番茄花叶病毒(TMV))和线虫(根结线虫,Heterodera schachtii)。