引起植物、人类和动物疾病的土壤微生物称为土壤病原体。入侵的土壤病原体会影响有用的土壤微生物群落并限制植物的生长和性能。对生态系统的组成和功能影响最大的三类重要微生物是土壤病原体(真菌、细菌和病毒)、土壤病原寄生虫(线虫)、共生体和分解体。