应用生物信息学与计算生物学杂志

同源建模

同源建模，也称为蛋白质比较建模，指的是根据其氨基腐蚀序列开发“目标”蛋白质的核测定模型。在同源建模中，我们测试相关同源蛋白质的三维结构（“布局”）。表述“同源性证明”，又称为相似展示或基于格式的展示(TBM)，是指利用已知的同源蛋白质的暂定结构作为布局来展示蛋白质3D结构。

蛋白质结构对于研究蛋白质功能、进展、与配体和其他蛋白质的合作，甚至在制药行业内基于结构的药物披露和药物概要方面，确实有很大的帮助。同源性显示可以为原子研究人员和有机化学家提供“低确定性”结构，其中将包含有关蛋白质中基本沉积物的空间作用过程的足够数据，并可能指导新研究的轮廓

例如，如果可以利用这种“低确定性”模型结构，则可以显着增强位点协调诱变分析的轮廓。蛋白质结构的试验说明经常可能会因获得足够的蛋白质量（毫克量的克隆、表达和净化）方面的困难、与结晶相关的挑战而被推迟，甚至蛋白质晶体部分也可能成为问题的根源。在这种情况下，管理蛋白质结构预测的系统增加了很多兴趣也就不足为奇了。在这些技术中，经常显示同源性的策略给出了最可靠的结果。该技术的利用是考虑到两种蛋白质具有相同家族的位置并且具有相对的氨基腐蚀序列，将具有相对的三维结构。