应用生物信息学与计算生物学杂志

序列分析

序列分析是生物学研究的一个领域，研究独特生命形式的基因组元素。序列分析可以结合序列比对、DNA分组和其他基因组结构标志。在手动测序中，反应发生在四个独特的试管中，每个试管都包含备用的 ddNTP。因此，含有 ddATP 的试管将具有全部以腺苷 (A) 结尾的部分，含有 ddGTP 的试管将具有以鸟嘌呤 (G) 结尾的部分，等等。

来自四个管的物品保持在凝胶的平行路径中运行。右图展示了手动排序的后果。 DNA测序的结果可以想象，因为初步标记有放射性标记。当将 X 射线胶片拿出来时，放射性发现胶片呈暗带状。然后，科学家或专家从影片中仔细阅读该连续剧。连续的结果堆叠在凝胶上的四个平行路径中。在此图中，第一个路径包含来自包含 ddCTP 的响应的项目​​。

以这种方式，出现在该路径中的每个条带都与以 C 结尾的测序项目相关。凝胶根据大小分离测序项目；较小的切片比更多的切片更快地穿过凝胶。这四个路径按照从基础（最小）到节拍（最大）的层次结构一起细读。蓝线遵循仔细阅读各组的要求，并在侧面展示该部分的连续性。机械化测序的反应与手动测序基本相同。

主要有两个对比：标记和阅读。在计算机测序中，项目用荧光颜色而不是放射性名称标记。有四种荧光颜色，每种颜色都与替代的 ddNTP 进行比较； ddATP 为绿色，ddTTP 为红色，ddCTP 为蓝色，ddGTP 为黄色。以这种方式，每个部分在其末端都有一个交替的阴影，这取决于结束核苷酸（ddNTP）。这允许测序结果在凝胶的单个路径上保持运行，而不是在四个平行路径上运行。