生物体内部发生的化学反应的基因组规模的代谢网络主要是根据其基因组中存在的信息重建的,涉及基因组的功能注释、相关反应的识别和化学计量的确定等步骤,定位的分配、生物质成分的确定、能源需求的估计以及模型约束的定义。这些信息可以整合到代谢的化学计量模型中,该模型可用于使用基于约束的建模方法详细分析生物体的代谢潜力,因此对于了解其代谢能力很有价值。